日本から欧州特許条約(EPC)の加盟国において権利取得するためには、通常PCTルートが採用されます。

さらにPCTルートでEPC加盟国において権利取得するためには:

ルート1.PCT→欧州特許庁(EPO)へ移行→欧州特許の査定後、各加盟国へValidation手続き
ルート2.PCT→各加盟国特許庁へ直接移行→各加盟国特許庁で査定

の2つのルートがあります。

しかし、以下のEPC加盟国では、PCTから直接移行できない、すなわち上記ルート2を採用できない点に注意すべきです。
http://www.wipo.int/pct/en/texts/reg_des.html

BE    Belgium
CY    Cyprus
FR    France
GR   Greece
IE     Ireland
IT     Italy
LV    Latvia
MC  Monaco
МТ   Malta
NL   Netherlands
SI    Slovenia

これらのEPC加盟国で、欧州特許庁(EPO)を経由せずに権利化を図りたい場合は、PCTを経由せずに通常のパリルートで出願する必要があります。